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一是價格，網上閱卷系統價格較高，光標閱卷機價格相對較低。
二是功能：網上閱卷系統功能齊全，強大。可對試卷、文檔、圖片、照片進行掃描識別。光標閱卷機功能相對較少，主要用于對涂點信息的識別。
三是掃描速，網上閱卷采用的是高速掃描儀，掃描速較慢，光標閱卷機掃描速快，每秒鐘掃描3-5張答題卡。
四是與高考中考閱卷方式是否相同：高考就是一根指揮棒，是教學的一個指引方向，因此大家都要跟著高考或中考走，目前全國高考都已采用網上閱卷的方式，因此高中學校都傾向于采用網上閱卷，大部分中考還在用光標閱卷機的方式，所以現在學校網上閱卷和光標閱卷機都在使用，這兩種閱卷方式總是并存，各有特點。畢竟光標閱卷機應用靈活、快捷、方便。因此光標閱卷機仍為大家所重視。